Es gibt zwei Wege, den CKEditor zu starten: automatisch und manuell (mittel Umschalter oder in einem Popup). Wenn entschieden wird, Sicherheitsfilter nur anzuwenden, wenn der CKEditor automatisch starten, besteht kein Schutz beim manuellen Umschalten von einem reinen Textbereich zum CKEditor oder bei Verwenden von CKEditor in einem Popup-Modus. Daher sollte diese Option nur gewählt werden, wenn verschiedene Angriffe (vor allem XSS) selbst durch Prüfen der HTML-Codes entdeckt werden können.